原因は自分がいろいろいじっているのに他ならないが。
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リファレンスどおりにWin32DiskImagerを使ってWriteボタンを押せばきちんと上書きされてそうですが、不安なのでフォーマットを1度行います。
普通のフォーマットでもよさそうですが、経験的にLinuxでMBRが書き換えられている時はとても面倒なため、物理フォーマットを行います。
使えるソフトは以下の2つ。どちらも無料で使用できます。どちらかを使えば良いです。
HDD LLF Low Level Format Tool
http://hddguru.com/software/HDD-LLF-Low-Level-Format-Tool/
BAFFALO Disk Formatter
http://buffalo.jp/download/driver/hd/format.html
それぞれ使い方は他サイト様が詳しい説明をしていますので、検索をかけてみてください。
ちなみにこれらを使えばUSBにインストールしたOSのMBR領域は消去できるようです。(普通にフォーマットするとMBRの残骸が残るので)
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